Die rote Hefe Phaffia rhodozyma kann als Bestandteil von Diäten für den Einsatz in der Aquakultur eingesetzt werden. Sein Hauptwert liegt in seinem Gehalt an Astaxanthin, der viel höher (5- bis 50-mal) höher ist als in Krustentiermehl. Bei der Verfütterung an Regenbogenforellen hing die Ablagerung von Astaxanthin im Fischfleisch von der richtigen Vorbereitung der Hefezellen vor ihrer Aufnahme in das Futter ab. Aus intakter Hefe war kein Astaxanthin ernährungsphysiologisch verfügbar. Wenn P. rhodozyma mechanisch aufgebrochen wurde, wurden seine Pigmente auf das Fleisch der Regenbogenforelle übertragen und färbten es lachsrosa. Die effizienteste Ablagerung von Astaxanthin bei Forellen erfolgte, als die Zellwand von P. rhodozyma durch enzymatische Verdauung teilweise entfernt wurde. Für P. rhodozyma wurden die ungefähre Zusammensetzung, der Aminosäuregehalt, das Fettsäureprofil und der Astaxanthingehalt bestimmt. Wenn P. rhodozyma unter den in dieser Studie verwendeten Bedingungen gezüchtet wird, weist es im Vergleich zu den meisten anderen Mikroorganismen einen niedrigen Proteingehalt (∼25 %) und einen hohen Gesamtlipidgehalt (∼17 %) auf.

Es werden Phaffia rhodozyma-Stämme beschrieben, die mehr als 3.000 ppm Astaxanthin basierend auf Trockenhefefeststoffen produzieren, wenn sie in einem Nährmediumvolumen von mindestens etwa 1.500 Litern kultiviert werden und mehr als 4 Prozent, vorzugsweise mehr als 6 Prozent Trockenhefefeststoffe enthalten. Diese und andere Stämme werden durch ein verbessertes Fermentationsverfahren kultiviert, das die Verlängerung der Reifephase der Fermentation durch eine oder mehrere verschiedene Techniken umfasst, darunter das Aussetzen der Hefezellen an Licht geringer Intensität, die langsame Versorgung der Zellen mit einer schnell metabolisierten Energiequelle, z. B. Glukose und Ersetzen der schnell metabolisierten Energiequelle durch eine langsam metabolisierte Energiequelle, z.B. Glyzerin. Die Zellen dieser Stämme werden in Tierfutter, insbesondere Futter für Lachsfische, eingearbeitet, um diesen Tieren und aus diesen Tieren hergestellten Produkten die rote Pigmentierung zu verleihen oder zu verstärken.